Karena menjadi satu dengan museum, maka pengunjung yang bermalam di homestay ini seperti mendapat bonus layanan berupa tour gratis di Museum. Bangunan homestay Griya Setapuran mempertahankan arsitektur asli rumah Jawa (Joglo Wetanan) lengkap beserta tata ruang dan fungsinya seperti dahulu kala.

Ruang paling depan adalah teras atau emper ngarep yg berfungsi sebagai ruang publik pertama. Pembatas dengan ruang selanjutnya disebut gebyok yang semi knock-down sehingga apabila membutuhkan ruang lebih luas, gebyok dapat dbongkar pasang kembali.

Ruang berikutnya adalah pendopo yang merupakan ruang publik kedua. Di ruangan ini sering diadakan ritual adat istiadat Jawa, yang paling sering adalah kenduri / selamatan / wilujengan.

Ruang selanjutnya adalah pringgitan yang merupakan ruangan semi private, dimana hanya tamu tertentu saja yang dipersilakan menempati ruang pringgitan.

Ruang di belakang pringgitan adalah omah jero atau rumah bagian dalam. Di bagian ini, terdapat lagi ruangan utama, yaitu sentong kiwo, sentong tengah dan sentong tengen. Sentong tengah saat ini difungsikan sebagai musholla. Jaman dulu ruang sentong tengah difungsikan sebagai tempat semedi atau menenangkan diri. Sentong kiwo adalah ruangan yang ditempati oleh perempuan tertua dalam keluarga, sedangkan sentong tengen adalah ruangan yang ditempati oleh laki-laki tertua dalam keluarga.

Terdapat tambahan 2 kamar di bagian omah jero yang saat ini difungsikan sebagai kamar inap tamu di homestay sekaligus museum ini.