Desa Pendem terbentuk pada Zaman Kolonial Belanda kurang lebih pada tahun 1915. Pada saat itu wilayah di sekitarnya masih berupa Hutan yang lebat, dimana Desa Pendem dilihat dari Topografinya kelihatan Tenggelam, sehingga kalau dilihat dari daerah sekitarnyaseperti tidak kelihatan maka Desa ini dinamakan PENDEM